Ressources

Compte-rendu

bientôt disponible

Carnet de bord

• https://codimd.math.cnrs.fr/9Jc2-meJRdiuc535JXhZ6g?both 

Supports des présentations et formations

• présentations : bientôt disponibles
• Formations 
  • https://frbcesab.github.io/intro-git
  • https://frbcesab.github.io/good-practices
  • https://rdatatoolbox.github.io/chapters/ex-compendium.html
  • https://github.com/frbcesab/rcompendium

Bonnes pratiques en science ouverte, écoinformatique, et reproductibilité

• principes FAIR par la Science Ouverte
  
• Reproductibilité en écologie par le CESAB
• Cycle de vie des données par le Cesab / PNDB / GBIF France
• Wilkinson M. D. et al., 2017. The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. Scientific Data. https://doi.org/10.1038/sdata.2016.18
• la page GitHub du CESAB

 Vocabulaire en éco-informatique et biodiversité

• glossaire du PNDB

• Thésaurus de l'INIST sur la biodiversité

•  EarthPortal, Le foyer des ontologies et des artefacts sémantiques du système Terre

 Galaxy

• Descriptif de Galaxy-Ecology
• Tutoriels de Galaxy-Ecology
• Galaxy pour le système Terre

Ressources bibliographiques en écoinformatique

• Vous trouverez sur le site web du PNDB un florilège non exhaustif de ressources bibliographiques en éco-informatique et données de biodiversité dont le PNDB se sert régulièrement. Ces dernières portent aussi bien sur des concepts & théories scientifiques que sur des outils & approches techniques.

• Articles sur les environnements virtuels de recherche en biodiversité ou équivalents
  

  • Gonzalez A. et al., 2023. A global biodiversity observing system to unite monitoring and guide action. Nature in Ecology and Evolution. https://doi.org/10.1038/s41559-023-02171-0

  • Mcintire E.J.B. et al., 2022. PERFICT: A Re-imagined foundation for predictive ecology. Ecology Letters. https://doi.org/10.1111/ele.13994

  • Royaux et. al., 2025. Guidance framework to apply best practices in ecological data analysis: lessons learned from building Galaxy-Ecology. Gigascience. https://doi.org/10.1093/gigascience/giae122https://doi.org/10.1093/gigascience/giae122

  • Urban M.C. et al., 2021 Designing a Platform for Projecting and Protecting Global Biodiversity. BioSciencehttps://doi.org/10.1093/biosci/biab127