Ressources

Carnet de bord collaboratif

• https://codimd.math.cnrs.fr/9Jc2-meJRdiuc535JXhZ6g?both 

Supports des présentations et formations

• Présentations :
  • Introduction aux journées écoinfoFAIR, par Olivier Norvez (CNRS, Data Terra - PNDB & Theia) [lien]
  • Introduction du PNDB, par Jian-Sheng Sun (MNHN, Data Terra - PNDB) [lien]
  • Retour d'expérience de Galaxy-Ecology via le PNDB, par Yvan Le Bras (MNHN, Data Terra - PNDB) [lien]
  • Retour d'expérience de Galaxy earth system, par Marie Jossé (CNRS Data Terra) et Jérôme Détoc (Ifremer) [lien]
  • Perpectives pour l'utilisation de Galaxy en sciences de l'environnement, par Yvan Le Bras (MNHN, Data Terra - PNDB) [lien]
  • La grammaire des variables essentielles de biodiversité (EBVs), par Mathieu Basille (OFB, Biodiversa+, CES PNDB) [lien]
• Formations 
  • Formation complète sur les bonnes pratiques & le Cycle de vie des données par le Cesab / PNDB / GBIF France
  • https://frbcesab.github.io/intro-git
  • https://frbcesab.github.io/good-practices
  • https://rdatatoolbox.github.io/chapters/ex-compendium.html
  • https://github.com/frbcesab/rcompendium

Bonnes pratiques en science ouverte, écoinformatique, et reproductibilité

• principes FAIR par la Science Ouverte
  
• cycle de vie des données par Doranum
• Reproductibilité en écologie par le CESAB
• la page GitHub du CESAB

 Vocabulaire en éco-informatique et biodiversité

• Thésaurus de l'INIST sur la biodiversité

•  EarthPortal, Le foyer des ontologies et des artefacts sémantiques du système Terre

 Galaxy

• Galaxy-Ecology
• Tutoriels de Galaxy-Ecology
• Galaxy pour le système Terre

Ressources bibliographiques en écoinformatique, principes FAIR

• Garnier et al., 2025. Defining biodiversity data. Trends in Ecology and Evolution. https://doi.org/10.1016/j.tree.2025.06.004 
• Gonzalez A. et al., 2023. A global biodiversity observing system to unite monitoring and guide action. Nature in Ecology and Evolution. https://doi.org/10.1038/s41559-023-02171-0
• Mcintire E.J.B. et al., 2022. PERFICT: A Re-imagined foundation for predictive ecology. Ecology Letters. https://doi.org/10.1111/ele.13994
• Norvez O., et al., 2022. Comprendre, partager et ré-utiliser les données de biodiversité : Note explicative sur la complémentarité des systèmes d’information SIB - SINP - GBIF - PNDB. PatriNat (OFB-MNHN-CNRS-IRD) - Centre d’expertise et de données sur le patrimoine naturel. 23 pages. Etalab- 2.0.https://mnhn.hal.science/mnhn-04296424/document
  
• Poisot T. et al., 2019 Ecological Data Should Not Be So Hard to Find and Reuse.Trends in Ecology and Evolution. https://doi.org/10.1016/j.tree.2019.04.005
• Royaux et. al., 2025. Guidance framework to apply best practices in ecological data analysis: lessons learned from building Galaxy-Ecology. Gigascience. https://doi.org/10.1093/gigascience/giae122https://doi.org/10.1093/gigascience/giae122
• Urban M.C. et al., 2021 Designing a Platform for Projecting and Protecting Global Biodiversity. BioSciencehttps://doi.org/10.1093/biosci/biab127  
• Wilkinson M. D. et al., 2017. The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. Scientific Data. https://doi.org/10.1038/sdata.2016.18