Programme
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Pré-programme
car ce sont les participants qui définissent ce dernier !
Vous avez des idées/envies d'ateliers, de thématiques ...
... n'hésitez pas à nous contacter par email contact.pndb@mnhn.fr
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Lundi 15 septembre 2025 (hybride : présentiel & distanciel)
| Horaires |
Activités |
Animateur.e.s |
Participation |
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18h00 - 19h30
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Tour de table / présentation des journées écoinfoFAIR et du programme |
Jian-Sheng Sun (MNHN, PNDB - Data Terra) et Olivier Norvez (CNRS, Data Terra) |
Présentiel & distanciel
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| Retour d'expérience de la plateforme Galaxy-ecology dans le cadre des activités du Pôle national des données de biodiversité |
Yvan Le Bras (MNHN, PNDB-DataTerra) |
| Retour d'expérience de la plateforme Galaxy pour les sciences du système Terre-environnement dans le cadre du projet FAIR EASE |
Marie Jossé (CNRS, Data Terra), Jérôme Détoc (Ifremer) |
| Point d’étape et perspectives de l'utlisation des Galaxy notamment dans le cadre du projet équipex+ GAIA Data, |
Yvan Le Bras (MNHN, PNDB-Data Terra) |
| 19h30 - 20h00 |
Pause / temps libre |
les participants et l'équipe d'organisation
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| 20h00 - 22h30 |
soirée conviviale au Marinarium de Concarneau |
Mardi 16 septembre 2025 (présentiel)
| Horaires |
Activités |
Animateur.e.s |
Participation |
| 09h00 - 09h30 |
tour de table / présentation / programme |
Olivier Norvez (CNRS, Data Terra) |
Présentiel |
| 09h30 - 10h30 |
Formation à Galaxy (Galaxy-ecology & Galaxy-earth system) |
Yvan Le Bras (MNHN, PNDB-DataTerra) & Marie Jossé (CNRS, Data Terra) |
Présentiel & distanciel
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| 10h30 - 10h45 |
pause café |
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| 10h45 - 11h30 |
Formation à Galaxy (Galaxy-ecology & Galaxy-earth system) |
Yvan Le Bras (MNHN, PNDB-DataTerra) & Marie Jossé (CNRS, Data Terra) |
| 11h30 - 12h30 |
Création de groupes et thématiques des sessions du hackathon |
Yvan Le Bras (MNHN, PNDB-DataTerra) & Olivier Norvez (CNRS, Data Terra) |
Présentiel |
| 12h30 - 14h00 |
repas |
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14h00 - 17h30
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Hackathon - pauses selon envies/besoins |
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| session 1 EBVs :opérationalisation des variables essentielles de biodiversité |
Mathieu Basille (OFB) & Yvan Le Bras (MNHN, PNDB-DataTerra) & Olivier Norvez (CNRS, Data Terra) |
Présentiel & distanciel |
| session 2 One Health :identification de worflows dans le cade du PEPR PREZODE |
Paula Caceres (INRAE) & Jian-Sheng Sun (MNHN PNDB) |
Présentiel |
| sessions : idées/besoins/envies des participants |
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Présentiel |
| 17h30 - 18h00 |
synthèse de la demie-journée (Partage en commun des sujets, démarrages, interrogations, problématiques) |
Yvan Le Bras (MNHN, PNDB-DataTerra) |
Présentiel |
Mercredi 17 septembre 2025 (présentiel)
| Horaires |
Activités |
Animateur.e.s |
Participation |
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09h00 - 12h00
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Hackathon - pauses selon envies/besoins |
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Présentiel |
| session 3 "couleur de l'eau": Couplage de données in situ (ecotaxa) et satellites pour générer différents produits dont "couleur de l'eau" |
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Présentiel |
| 12h00 - 12h30 |
synthèse de la demie-journée (Partage en commun des sujets, démarrages, interrogations, problématiques) |
Yvan Le Bras (MNHN, PNDB-DataTerra) & Olivier Norvez (CNRS, Data Terra) |
Présentiel |
| 12h30 - 14h00 |
repas |
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14h00 - 17h30
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Hackathon - pauses selon envies/besoins |
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| sessions : idées/besoins/envies des participants |
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Présentiel |
| 17h30 - 18h00 |
synthèse de la demie-journée (Partage en commun des sujets, démarrages, interrogations, problématiques) |
Yvan Le Bras (MNHN, PNDB-DataTerra) & Olivier Norvez (CNRS, Data Terra) |
Présentiel |
Jeudi 18 septembre 2025 (hybride : présentiel & distanciel)
| Horaires |
Activités |
Animateur.e.s |
Participation |
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09h30 - 11h30
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Formations |
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Présentiel & distanciel
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| Formation introductive GitHub / GitLab |
Nicolas Casajus (FRB CESAB
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| Formation introductive R Shiny |
| Formation introductive reproductibilité via research compendium |
| NB : des formations sur Galaxy et les principes FAIR pourront être possibles si besoin |
Yvan Le Bras (MNHN, PNDB-DataTerra) & Olivier Norvez (CNRS, Data Terra) |
| 11h30 - 12h30 |
synthèse des journées et actions à programmer |
Yvan Le Bras (MNHN, PNDB-DataTerra) & Olivier Norvez (CNRS, Data Terra) |
| 12h30 - 13h30 |
repas |
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Informations supplémentaires pour le hackathon
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Pour les sessions de hackathon, 4 axes principaux sont proposés :
- Conceptualisation d'indicateurs environnementaux et de biodiversité
- Développement d’outils Galaxy - à partir de scripts R (ou autre), de jupyter notebooks ou d’applications interactive;
- Création et amélioration de workflows Galaxy;
- Développement et amélioration de tutoriels Galaxy
Certains cadres de travail, comme les variables essentielles de biodiversité (cf. GEO BON et les EBVs) seront présents pour illustrer l'opérationalisation d'outils comme Galaxy ou plus généralement les environnements virtuels de recherche.
