Programme
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Pré-programme
car ce sont les participants qui définissent ce dernier !
Vous avez des idées/envies d'ateliers, de thématiques ...
... n'hésitez pas à nous contacter par email contact.pndb@mnhn.fr
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Lundi 15 septembre 2025 (hybride : présentiel & distanciel)
| Horaires |
Activités |
Animateur.e.s |
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18h00 - 19h30
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Tour de table / présentation de l'organisation / programme |
Olivier Norvez (CNRS, Data Terra) |
| Retour d'expérience de la plateforme Galaxy-ecology dans le cadre des activités du Pôle national des données de biodiversité |
Yvan Le Bras (MNHN, PNDB-DataTerra) |
| Retour d'expérience de la plateforme Galaxy pour les sciences du système Terre-environnement dans le cadre du projet FAIR EASE |
Marie Jossé (CNRS, Data Terra), Jérôme Détoc (Ifremer) |
| Point d’étape et perspectives dans le cadre du projet équipex+ GAIA Data, |
Yvan Le Bras (MNHN, PNDB-Data Terra) |
| 19h30 - 20h00 |
Pause / temps libre |
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| 20h00 - 22h30 |
soirée conviviale au Marinarium de Concarneau |
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Mardi 16 septembre 2025 (présentiel)
| Horaires |
Activités |
Animateur.e.s |
| 09h00 - 09h30 |
tour de table / présentation / programme |
Olivier Norvez (CNRS, Data Terra) |
| 09h30 - 10h30 |
Formation à Galaxy (Galaxy-ecology & Galaxy-earth system) |
Yvan Le Bras (MNHN, PNDB-DataTerra) & Marie Jossé (CNRS, Data Terra) |
| 10h30 - 10h45 |
pause café |
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| 10h45 - 11h30 |
Formation à Galaxy (Galaxy-ecology & Galaxy-earth system) |
Yvan Le Bras (MNHN, PNDB-DataTerra) & Marie Jossé (CNRS, Data Terra) |
| 11h30 - 12h30 |
Création de groupes et thématiques des sessions du hackathon |
Yvan Le Bras (MNHN, PNDB-DataTerra) & Olivier Norvez (CNRS, Data Terra) |
| 12h30 - 14h00 |
repas |
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14h00 - 17h30
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Hackathon session 1 - pauses selon envies/besoins |
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| sous-session EBVs : opérationalisation des variables essentielles de biodiversité |
Mathieu Basille (OFB) & Yvan Le Bras (MNHN, PNDB-DataTerra) |
| autres sous-sessions : idées/besoins/envies des participants |
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| 17h30 - 18h00 |
synthèse de la session 1 (Partage en commun des sujets, démarrages, interrogations, problématiques) |
Yvan Le Bras (MNHN, PNDB-DataTerra) |
Mercredi 17 septembre 2025 (présentiel)
| Horaires |
Activités |
Animateur.e.s |
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09h00 - 12h00
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Hackathon session 2 - pauses selon envies/besoins |
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| sous-sessions : idées/besoins/envies des participants |
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| 12h00 - 12h30 |
synthèse de la session 2 (Partage en commun des sujets, démarrages, interrogations, problématiques) |
Yvan Le Bras (MNHN, PNDB-DataTerra) & Olivier Norvez (CNRS, Data Terra) |
| 12h30 - 14h00 |
repas |
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14h00 - 17h30
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Hackathon session 3 - pauses selon envies/besoins |
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| sous-sessions : idées/besoins/envies des participants |
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| 17h30 - 18h00 |
synthèse de la session 3 (Partage en commun des sujets, démarrages, interrogations, problématiques) |
Yvan Le Bras (MNHN, PNDB-DataTerra) & Olivier Norvez (CNRS, Data Terra) |
Jeudi 18 septembre 2025 (hybride : présentiel & distanciel)
| Horaires |
Activités |
Animateur.e.s |
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09h30 - 11h30
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Formations |
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| Formation introductive aux principes FAIR (Facile à trouver, Accessible, Intéropérable, Réutilisable) |
Nicolas Casajus (FRB CESAB
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| Formation introductive GitHub / GitLab |
| Formation introductive R Shiny |
| Formation introductive reproductibilité via research compendium |
| NB : une session de formation à Galaxy pourra être possible si besoin |
Yvan Le Bras (MNHN, PNDB-DataTerra) & Marie Jossé (CNRS, Data Terra) |
| 11h30 - 12h30 |
synthèse des journées et actions à programmer |
Yvan Le Bras (MNHN, PNDB-DataTerra) & Olivier Norvez (CNRS, Data Terra) |
| 12h30 - 13h30 |
repas |
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Informations supplémentaires pour le hackathon
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Pour les sessions de hackathon, 4 axes principaux sont proposés :
- Conceptualisation d'indicateurs environnementaux et de biodiversité
- Développement d’outils Galaxy - à partir de scripts R (ou autre), de jupyter notebooks ou d’applications interactive;
- Création et amélioration de workflows Galaxy;
- Développement et amélioration de tutoriels Galaxy
Certains cadres de travail, comme les variables essentielles de biodiversité (cf. GEO BON et les EBVs) seront présents pour illustrer l'opérationalisation d'outils comme Galaxy ou plus généralement les environnements virtuels de recherche.
